Do Rwandy ks. Hoser powrócił na początku sierpnia 1994 r., kiedy fala ludobójstwa już tam wygasła. Przybył tam z Rzymu ze specjalną misją wizytatora apostolskiego, którego celem była pomoc w odbudowywaniu tamtejszego Kościoła: wizytował diecezje, mianował administratorów apostolskich na wakujące diecezje, pomagał biskupom i klerowi organizować na nowo pracę duszpasterską. Pod koniec 1994 obok ks. Hosera ustanowiono chargé d’affaire nuncjatury, którego rolą było śledzenie spraw społeczno-politycznych w Rwandzie, natomiast zadaniem ks. Hosera było – prowadzenie spraw duszpasterskich. W 1996 został wreszcie mianowany nuncjusz apostolski – został nim abp Juliusz Janusz.
Ks. Hoser pozostał jeszcze przez kilka miesięcy w nuncjaturze jako doradca i współpracownik nuncjusza. Po zakończeniu misji wizytatora wyjechał z Rwandy.
Powrót do Europy
Po powrocie do Europy był przełożonym Regii Miłosierdzia Bożego pallotynów we Francji (1996-2003) i członkiem Rady Misyjnej Konferencji Wyższych Przełożonych Zakonnych w tym kraju. W tym czasie, z ramienia Kongregacji Ewangelizacji Narodów, kilkakrotnie wizytował seminaria duchowne w krajach misyjnych.
W 1998 prowadził czterodniowe rekolekcje dla polskich biskupów na Jasnej Górze. Od 2004 był przełożonym pallotyńskiej prokury misyjnej w Brukseli i duszpasterzem w strukturach Wspólnoty Europejskiej.
Duchowny współzałożył w 2001 r. Afrykańską Federację Akcji Rodzinnej i został jej sekretarzem. Opracował także, we współpracy z Georgetown University w Waszyngtonie, poszerzoną metodę laktacji LAM–9.
22 stycznia 2005 r. Jan Paweł II mianował ks. Henryka Hosera sekretarzem pomocniczym Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów oraz przewodniczącym Papieskich Dzieł Misyjnych. Nadał mu jednocześnie godność arcybiskupa tytularnego Tepelte.
Nominacja została ogłoszona w uroczystość założyciela zakonu św. Wincentego Pallottiego, a ks. Hoser jest pierwszym polskim pallotynem, który został podniesiony do godności arcybiskupa. Sakrę biskupią przyjął w Rzymie 19 marca 2005 r. Jako dewizę biskupią obrał słowa z pierwszego listu św. Jana: „Maior est Deus” (Większy jest Bóg). Jak wyjaśnił, „Bóg jest większy niż kryzysy naszej ludzkiej tożsamości, większy niż nasza słabość również wtedy, gdy my wątpimy w samych siebie. Bóg jest większy niż zło i Zły”.
Oprócz funkcji zastępcy sekretarza Kongregacji Ewangelizacji Narodów był z urzędu przewodniczącym Papieskich Dzieł Misyjnych. Ta instytucja zajmuje się animacją i współpracą na rzecz misji ad gentes. Na PDM składają się: Papieskie Dzieło Rozkrzewiania Wiary, Papieskie Dzieło św. Piotra Apostoła, Papieskie Dzieło Misyjne Dzieci i Papieska Unia Misyjna. Abp Hoser był drugim Polakiem w Kongregacji na tak wysokim stanowisku, po kard. Mieczysławie Ledóchowskim (w latach 1892-1902 prefekt tej kongregacji).
Biskupstwo na stołecznej Pradze
Benedykt XVI 24 maja 2008 r. mianował abp. Henryka Hosera biskupem warszawsko-praskim. W strukturach Konferencji Episkopatu Polski abp Hoser wszedł w skład Komisji Duszpasterstwa, Komisji ds. Misji i Rady ds. Rodziny. W 2014 jako biskup diecezjalny został wybrany do Rady Stałej KEP. Objął też funkcję członka Rady Fundacji “Dzieło Nowego Tysiąclecia”.
Styl zarządzania abp. Hosera Kościołem lokalnym oparty został na współpracy, harmonii i odpowiedzialności. Jako pasterz diecezji podkreślał, że ważne jest rozwinięcie działań skierowanych do człowieka, zaś realizacje materialne ważne są o tyle, o ile służą właśnie konkretnemu człowiekowi.
Nie pozostał obojętny na swoje dotychczasowe doświadczenie medyczne, misyjne i duszpasterskie. Zdynamizował działalność duszpasterstwa służby zdrowia, organizując cykliczne konferencje naukowe z udziałem kapelanów szpitalnych, lekarzy, zgromadzeń zakonnych posługujących wśród chorych.
Bardzo wiele uwagi poświęcał rozwojowi duszpasterstwa rodzin. Wskazywał pilną potrzebę podjęcia systemowej pracy formacyjnej z małżeństwami. Osobiście zaangażował się w nauczanie i przygotowanie nowej kadry formatorów rodzinnych.
Arcybiskup dużą wagę przywiązywał do współpracy ze świeckimi i nowymi ruchami apostolskimi. Nawiązał m. in. współpracę z ewangelizacyjną Wspólnotą Chemin Neuf, powierzając jej prowadzenie dwóch parafii: w Warszawie-Wesołej oraz Mistowie. Erygował Zakon Rycerzy Jana Pawła II, który jest nowo powstałą wspólnotą ludzi świeckich.
Co? Gdzie? Kiedy?
