„Kiedy po drugiej salwie Niemcy odeszli, podnoszę nieco głowę. Uderza mnie wstrząsający widok. Naprzeciwko, prawie nade mną siedzą księża Libiński i Wilczyński, lecz już nie żyją. Ksiądz Libiński, pochylony ku przodowi, zwiesił głowę tak głęboko, że z odległości kilkudziesięciu centymetrów mogę oglądać tył jego czaszki. Widzę ziejącą straszliwą pustką jamę bez mózgu” – zapamiętał ks. Jan Rosiak. („Masakra w klasztorze”)
W relacji innego ocalałego, ks. Karola Sawickiego (broszura „Stos ofiarny”), czytamy: „Odnoszę wrażenie, że sufit pękł, że cały dom wali się nam na głowy. Sypie się tynk. Szyby lecą z brzękiem (...) granaty pękają gdzieś bardzo blisko. (...) Po granatach oddano jeszcze kilka serii z automatów. Wtedy umilkły nawet jęki. (...) Skończyli. Odchodzą. Kilka razy wracali, rzucali granaty i strzelali".
Tylko nieliczni – 14 osób – zachowali życie, kryjąc się za ciałami poległych. Po odejściu Niemców schronili się za kuchnią, w magazynach węgla i drewna. Mieli szczęście, bo oprawcy niebawem jeszcze raz wrócili od swych ofiar. Aby zatrzeć ślady zbrodni, spalili ciała zamordowanych.
Następnego dnia Niemcy dokończyli dzieła zniszczenia. Zdemolowali kaplicę, podpalili zakrystię, zamordowanych okradli z rzeczy osobistych, głównie z zegarków. Zginął wówczas także nie wiedzący o masakrze powstańczy kapelan ks. Franciszek Szymaniak. Przyszedł do kaplicy zakonnej po komunikanty; padł jednak, nie spodziewając się zagrożenia, od strzału w głowę.
W międzyczasie z klasztoru stopniowo uciekali uratowani z egzekucji (w węglarni ukrywano się do 5 sierpnia) – część znalazła schronienie poza miastem, inni otrzymali pomoc od spotkanych nieopodal sanitariuszek.
W niemieckim mordzie z 2 sierpnia 1944 roku zginęło ok. 40 osób (nie udało się ustalić personaliów wszystkich zabitych) – w tym 17 jezuitów (wraz z o. Kosibowiczem).
Wśród zidentyfikowanych ofiar byli – bracia: Feliks Bajak, Antoni Biegański, Klemens Bobritzki, Józef Fus, Adam Głaudan, Czesław Święcicki, Stanisław Tomaszewski, Stanisław Orzechowski; księża: Zbigniew Grabowski, Herman Libiński, Jan Madaliński, Jan Pawelski, Władysław Wiącek, Henryk Wilczyński, Mieczysław Wróblewski; osoby świeckie: Antoni Chrzanowski (ogrodnik), Aurelia Dembowska (sprzątająca w kaplicy), Zbigniew Mikołajczyk (ministrant), Stanisław Rutkowski (organista), Stanisław Żwan (woźnica), Jan Kęcik (murarz), a także: Bronisław Dynak, Jan Gurba, Józef Jamroz, Alfred Korankiewicz, Helena Maciejko, Witold Rosa, Jan Włodarkiewicz, Józef Szuba, Zientarski (imię nieznane).
***
Na miejscu kaźni - przy ul. Rakowieckiej 61 – mieści się dziś wydział teologiczny Collegium Bobolanum. Pokój, w którym 2 sierpnia Niemcy zamordowali ok. 40 osób, zamieniono w kaplicę. Pod podłogą pomieszczenia (w krypcie męczenników) pochowano straconych zakonników, wraz z ekshumowanymi wcześniej szczątkami o. Kosibowicza.
O zbrodni w warszawskim klasztorze jezuitów opowiada fabularyzowany film dokumentalny „Masakra w klasztorze” (2004) w reżyserii Krzysztofa Żurowskiego.