Spotkanie modlitewne rozpoczęło się od wjazdu Ojca Świętego przed Kaplicę Objawień, gdzie przez długą chwilę modlił się on w milczeniu, stojąc, przed figurą Matki Bożej Fatimskiej. Towarzyszył temu śpiew chóru, który wykonał po łacinie pieśń na rozpoczęcie. Następnie pobłogosławił on świece, które – zapalone – trzymali w rękach zebrani wierni, po czym wygłosił przemówienie po portugalsku, w którym przypomniał rolę i miejsce Maryi w Kościele oraz podkreślił znaczenie miłosierdzia Bożego, które – jak zaznaczył – jest większe od grzechu i kary za niego.
Potem rozpoczęła się modlitwa różańcowa, podczas której odmawiano i rozważano tajemnice radosne: zwiastowanie Matce Bożej, nawiedzenie przez nią św. Elżbiety, narodziny Pana Jezusa w Betlejem, ofiarowanie Pana Jezusa w świątyni i znalezienie Go tam. Modlitwy: "Ojcze nasz" i "Zdrowaś Mario" odmawiano łącznie w 10 językach, kolejno po portugalsku, arabsku, hiszpańsku, ukraińsku, włosku, koreańsku, angielsku, francusku, niemiecku i polsku. Wprowadzeniem do każdej tajemnicy było odczytanie przez portugalskiego kapłana fragmentu Ewangelii, odnoszącego się do tytułu poszczególnych tajemnic, a na zakończenie chór śpiewał stosowny hymn.
Po zakończeniu różańca Ojciec Święty wsiadł do papamobilu, obok kierowcy, i wolno opuścił główny plac, na którym zaraz po jego odjeździe rozpoczęła się procesja ze świecami z figurą Matki Bożej Fatimskiej. Na jej czele szli kardynałowie i biskupi – portugalscy i zagraniczni – towarzyszący papieżowi w tej wizycie.