W XVI wieku kościół stanowił centrum hiszpańskiej ewangelizacji wspólnot rdzennej ludności Zoque na brzegach rzeki Grijalva. Mieszkańcy opuścili tę miejscowość na skutek panującej w latach 1773-1776 epidemii dżumy. Świątynia została zatopiona w 1966 roku, kiedy realizowano projekt budowy tamy.
Ostatnio, na skutek panującej suszy, poziom wody znacznie się obniżył i ruiny kościoła są znowu widoczne. Od początku czerwca lokalne władze prowadzą prace porządkowe, aby kościół mogli zwiedzać turyści.
